Naše škola byla otevřena 1.září 1988. Původní návrh počítal s tím, že objekt bude stavěn jako „dvojškola“, později byl změněn na školu s jedním ředitelstvím a s kapacitou 32 kmenových tříd. V období let 1994 – 1998 poskytovala škola základní vzdělávání více než tisícovce žáků (maximum 1995/96 – 1243 žáků).
Po zvládnutí tohoto náporu začal počet žáků postupně klesat, hlavními důvody byly slabé populační ročníky a typický jev „stárnutí“ sídliště. V posledních letech počet žáků opět stoupá, v současné době navštěvuje školu přibližně 650 žáků.
Od roku 1996 se součástí školy stává i čtyřtřídní mateřská škola se sídlem v Urbánkově ulici č. p. 3374, od roku 2005 i jednotřídní mateřská škola na Točné.
Ve vzdělávací oblasti při volbě vzdělávacích programů jsme po otevření školy volili spíše tradiční pojetí, neboť při velkém množství žáků a pedagogických pracovníků zejména v 90.letech a na počátku 3. tisíciletí bylo velmi obtížné nastartovat nějaké zásadní změny. Přesto si celý I.stupeň v období poloviny 90. let prošel programem Obecná škola, vytvářeli jsme třídy zaměřené na sport (sportovní gymnastika, tenis), studijní třídy, třídy zaměřené na esteticko-výchovné a přírodovědné předměty atd. Od roku 1995 procházejí žáci školy pravidelně celonárodními srovnávacími testy. Několik let jsme otvírali třídy pro žáky se speciálními vzdělávacími potřebami.
Od školního roku 2004/2005 jsme v souladu s připravovanými změnami v oblasti základního vzdělávání s celým týmem pedagogických pracovníků začali připravovat podmínky pro start kurikulární reformy na naší škole. Obnášelo to zejména nástup pravidelného vzdělávání všech pedagogických pracovníků a jednak postupné kroky při samotném zpracování školního vzdělávacího programu. Součástí změn bylo i zahájení výuky podle M. Montessori od školního roku 2005/2006 a výuky v souladu s programem Začít spolu od školního roku 2007/2008.
Od roku 1996 pracuje při škole Školská rada.
K 1.9.2024 dochází ke vziku nového právního subjektu Základní škola Montessori v Praze 12, příspěvková organizace, kam přechází žáci i zaměstnanci z původního programu Montessori. Nyní se tedy v budově školy nachází 2 samostatné školy, které využívají společné prostory (jídelna, tělocvičny, hřiště apod.), ale již každá má své vedení.